Para conduzir o enquadramento e a proteção dos refugiados funcionam inúmeras instituições internacionais e nacionais que importa apresentar sumariamente.
Ao nível internacional a agência de referência é o Alto Comissariado das Nações Unidas para os Refugiados (ACNUR) que tem o mandato das Nações Unidas de conduzir e coordenar ações internacionais de proteção de refugiados, assegurando os seus direitos, e de procurar soluções duradouras para seus problemas. O ACNUR conduz a sua ação de acordo com a Convenção das Nações Unidas relativa ao Estatuto dos Refugiados de 1951 e seu Protocolo de 1967. O direito internacional dos refugiados constitui o quadro normativo essencial das atividades humanitárias do ACNUR.
Ao nível europeu funcionam ainda algumas instituições que importa enquadrar na vertente da política comum de asilo e na gestão dos fluxos de refugiados. Na Comissão Europeia, a Direção-Geral (DG) das Migrações e Assuntos Internos enquadra as regras ao nível da UE no que diz respeito a questões de fronteiras, como é o caso do asilo, migrações, controlo de fronteiras, crime organizado e terrorismo, e monitoriza a aplicação dessas regras ao nível comunitário. Esta DG é responsável pelo financiamento de projetos relacionados com estes domínios políticos nos Estados da UE.
A União Europeia dispõe ainda desde 2011 de uma Agência de apoio ao Asilo - Gabinete Europeu de Apoio em matéria de Asilo (EASO) - criada pelo Regulamento (UE) n.o439/2010 do Parlamento Europeu e do Conselho para reforçar a cooperação entre os Estados-Membros neste domínio e para os ajudar a lidar com situações de crise. Esta agência procura aumentar a cooperação entre os Estados-membros em matéria de asilo, apoiando em particular os Estados-Membros cujos sistemas de asilo e acolhimento estejam particularmente sujeitos a pressões, e melhorar a aplicação do Sistema Europeu Comum de Asilo (SECA). O Conselho de Administração é o órgão de programação e supervisão da EASO, sendo constituído por representantes dos Estados-Membros da UE e dos países associados, da Comissão Europeia e por um representante do ACNUR.
Funciona também a Rede Europeia de Reinstalação que corresponde a uma rede inclusiva para apoiar e fomentar o desenvolvimento da reinstalação de refugiados na Europa através de uma plataforma que coloca em contacto toda a variedade de atores envolvidos. Os membros da rede são organizações que lidam com a reinstalação e a integração, em termos de políticas e práticas, nos seus diferentes níveis e setores. Incluem-se instituições oficiais de âmbito nacional, regional ou local, organizações internacionais, sociedade civil, voluntários, académicos e outras organizações e pessoas que trabalhem em todas as etapas da reinstalação. A rede inclui entre os seus membros refugiados previamente reinstalados na Europa, os quais podem contribuir com a sua experiência singular e competências para o fomento e o desenvolvimento de programas e práticas nesta vertente. A ferramenta central da Rede é o seu website (www.resettlement.eu), lançado em março de 2012, ambicionando dispor de um repositório de recursos, um diretório dos formuladores das políticas e dos profissionais relacionados com a reinstalação, grupos de discussão online, locais para consultas online e de aprendizagem mútua através de uma comunidade online de práticas. O Conselho Português para os Refugiados integra esta rede.
No enquadramento institucional europeu funcionam ainda outras agências que, não tendo intervenção específica e exclusiva para os refugiados, promovem algumas ações na vertente da proteção dos direitos humanos e que têm tocado o tema. A Agência Europeia para os Direitos Fundamentais (FRA) é um desses exemplos. A FRA é um organismo independente da EU que presta assistência na implementação da legislação comunitária referente aos direitos fundamentais, apoiando os Estados-membros na adoção de medidas ou na definição de linhas de ação, dentro das respetivas esferas de competência, de forma a assegurar plenamente o respeito pelos direitos fundamentais. As suas tarefas incluem a recolha de informação e de dados, pesquisa e análise; aconselhamento das instituições da UE e os Estados Membros, cooperação com a sociedade civil e fomento da sua consciencialização neste domínio. Recentemente, no contexto do aumento do número de refugiados e da pressão migratória na Europa, a FRA começou a produzir inúmeros relatórios (e.g. Manual de legislação europeia sobre asilo, fronteiras e imigração de 2014; Relatório sobre Direitos Fundamentais de 2016) e overviews que enquadram o tema do asilo e dos refugiados na vertente dos seus direitos fundamentais, destacando em particular a situação nos países mais afetados pela recente pressão migratória – Áustria, Bulgária, Croácia, Alemanha, Grécia, Hungria, Itália, Eslovénia e Suécia.
Já no contexto português há outras instituições de referência que enquadram o asilo, refugiados e a proteção humanitária. O Serviço de Estrangeiros e Fronteiras (SEF) é o serviço público, pertencente ao Ministério da Administração Interna, responsável por dar execução à política de imigração e asilo de Portugal, de acordo com as disposições da Constituição e da Lei e as orientações do Governo. Tem por objetivos fundamentais controlar a circulação de pessoas nas fronteiras, a permanência e atividades de estrangeiros em território nacional, bem como estudar, promover, coordenar e executar as medidas e ações relacionadas com aquelas atividades e com os movimentos migratórios. A estrutura organizacional do SEF conta com um Gabinete de Asilo e Refugiados que tem entre as suas principais atribuições a organização e instrução dos processos de asilo, a emissão de pareceres sobre os pedidos de reinstalação de refugiados, e a emissão, prorrogação e renovação de autorizações de residência previstas na lei de asilo, entre outros.
Por sua vez o Conselho Português para os Refugiados (CPR) é uma organização não-governamental para o desenvolvimento sem fins lucrativos, criada em 1991 e parceira do ACNUR desde 1993. O seu objetivo principal é promover uma política de asilo mais humana a nível nacional tendo inúmeros protocolos com o governo português (Ministério da Administração Interna e Ministério da Solidariedade, Emprego e Segurança Social) para desenvolver a sua ação nas áreas do acolhimento de requerentes de asilo e integração de refugiados. Em 2014 o CPR assinou um Protocolo de Cooperação com o SEF que estabelece o apoio direto que presta aos requerentes de proteção internacional e assegura o funcionamento e manutenção dos equipamentos do CPR, nomeadamente o Centro de Acolhimento para Refugiados e o Centro para Crianças Refugiadas.
Mais recentemente, o Grupo de Trabalho para a Agenda Europeia para as Migrações, criado em 2015, surge para dar resposta à crise humanitária vivida na UE, aferindo a capacidade instalada no país para acolher refugiados e cidadãos estrangeiros com necessidade de proteção e preparar um plano de ação e resposta em matérias de reinstalação, relocalização e integração dos migrantes. Este grupo é coordenado pelo Serviço de Estrangeiros e Fronteiras e é constituído por um representante de cada um dos serviços que o integra: a Direcção-Geral dos Assuntos Europeus/MNE, o Serviço de Estrangeiros e Fronteiras, o Instituto de Segurança Social, o Instituto do Emprego e Formação Profissional, a Direcção-Geral de Saúde, a Direcção-Geral da Educação, e o Alto Comissariado para as Migrações (ACM). Podem também ser chamados a participar, sempre que se considere necessário, representantes das autarquias locais e de organizações não-governamentais.
Na vertente do acolhimento e integração de refugiados em Portugal, cabe ao Alto Comissariado para as Migrações a sensibilização da opinião pública para a temática dos refugiados, a articulação com a sociedade civil e autarquias na recolha de propostas de acolhimento de refugiados e a disponibilização dos serviços dos Centros Nacionais de Apoio ao Imigrante, Centros Locais de Apoio à Integração de Migrantes, bem como do Serviço de Tradução Telefónica (STT), e o apoio prestado pelo Programa Português para Todos com vista à aprendizagem da língua portuguesa.
Finalmente neste enquadramento institucional português é relevante destacar ainda a Plataforma de Apoio aos Refugiados, criada em 2015 por iniciativa de organizações da sociedade civil portuguesa para apoiar refugiados na presente crise humanitária (mais em www.refugiados.pt).